In der Leitungsabteilung der Bundesanwaltschaft sind zentrale Querschnittsaufgaben zusammengefasst. Die Abteilung bearbeitet insbesondere Grundsatzfragen der nationalen und internationalen Zusammenarbeit und Rechtshilfeangelegenheiten. Außerdem befasst sie sich mit der Bearbeitung der Anfragen, die die Bundesanwaltschaft aus dem parlamentarischen Raum oder der Wissenschaft erreichen oder außerhalb anhängiger Verfahren gestellt werden. Daneben steuert die Abteilung Digitalisierungsprojekte sowie die Ermittlung des Personalbedarfs der Behörde und bearbeitet Personalangelegenheiten.
Im Verwaltungsbereich der Bundesanwaltschaft werden organisatorische Aufgaben der Behörde gebündelt. Hierunter fallen insbesondere Haushalts- und Sicherheitsfragen sowie die Liegenschaftsverwaltung. Daneben ist die Informationstechnik diesem Bereich zugeordnet.